隨著科技的發(fā)展,當(dāng)前已經(jīng)擁有龐大的生物分子數(shù)據(jù)庫(kù)以及各種各樣的藥物分子數(shù)據(jù)庫(kù),而傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)手段已經(jīng)難以從龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)中快速的篩選出符合特定需求的分子體系。目前我們已經(jīng)可以通過(guò)分析確定藥物的作用機(jī)制,并在此基礎(chǔ)上通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬篩選的方式快速的篩選出符合特定條件的一系列分子,從而大大的加快分子篩選過(guò)程。
據(jù)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示,成功研制一種新藥需要約10—12年的時(shí)間,耗資10億—15億美元。計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)技術(shù)能通過(guò)干涉新藥發(fā)現(xiàn)流程,大量降低研發(fā)成本和時(shí)間,增加社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益, 國(guó)內(nèi)外利用CADD輔助藥物設(shè)計(jì)工具取得了非常了不起的成績(jī)。
實(shí)體的藥物篩選方法有嚴(yán)重的缺點(diǎn):成本高、效率低、速度慢、樣品量大、陽(yáng)性率低(< 0.1‰)。相比之下,虛擬篩選(virtual screening, VS)方法具有很大的優(yōu)勢(shì)。采用高通量虛擬篩選方法可從大型化合物庫(kù)(如約20萬(wàn)個(gè)化合物的SPECS庫(kù),超過(guò)1億個(gè)可購(gòu)買(mǎi)化合物的ZINC庫(kù))中迅速篩選出有潛在活性的藥物分子,陽(yáng)性率一般在5%~20%。
我們理解大多數(shù)研究者對(duì)虛擬篩選準(zhǔn)確率低、假陽(yáng)性率高的詬病,這些問(wèn)題通常來(lái)自于傻瓜式的操作和對(duì)研究體系缺乏充分了解。
盡管針對(duì)藥物設(shè)計(jì)的軟件和策略層出不窮,但被運(yùn)用來(lái)尋找到有效的苗頭化合物,進(jìn)而發(fā)展成先導(dǎo)化合物,是極其艱難的一件事情。
在整個(gè)藥物發(fā)現(xiàn)的過(guò)程中,布滿(mǎn)了各種陷阱,不少是非常隱秘的。
對(duì)一個(gè)全新的體系采用單一方法進(jìn)行虛擬篩選,其準(zhǔn)確率往往遠(yuǎn)低于文獻(xiàn)報(bào)道的研究結(jié)果。
研錦生物深諳每種方法都有其固有的缺陷,因此,在充分了解研究體系的情況下,我們通常采用多模型方案與平行和(或)串行的篩選策略,并根據(jù)先驗(yàn)的成功概率和后驗(yàn)的命中率仔細(xì)挑選策略和設(shè)計(jì)方案,借助統(tǒng)計(jì)學(xué)這一強(qiáng)有力的工具,提高我們對(duì)篩選策略的成敗把握。
值得注意的是,我們的專(zhuān)家知識(shí)在提高命中率上給了很大幫助,這歸功于研錦生物多年積累的豐富經(jīng)驗(yàn)。
研錦生物在藥物的虛擬篩選方面進(jìn)行過(guò)大量研究,有著豐富的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)和核心技術(shù)。根據(jù)具體的研究項(xiàng)目,我們將為客戶(hù)提供有針對(duì)性的高性?xún)r(jià)比的篩選方案。同時(shí),還可提供小分子化合物庫(kù)等服務(wù)。
高通量高精度分子對(duì)接(Docking)
基于形狀匹配的分子相似度計(jì)算(Shape-based Similarity)
基于配體或受體的藥效團(tuán)構(gòu)建與篩選(Pharmacophore)
反向?qū)ぐ校═arget Fishing)
虛擬篩選庫(kù)類(lèi)別 | 說(shuō) 明 |
ZINC全部可購(gòu)買(mǎi)庫(kù) | 化合物數(shù)量19582419個(gè) 來(lái)源于ZINC數(shù)據(jù)庫(kù),能購(gòu)買(mǎi)到,適用于大規(guī)模的虛擬篩選。 |
ZINC先導(dǎo)化合物庫(kù) | 化合物數(shù)量6184622個(gè) 來(lái)源于ZINC數(shù)據(jù)庫(kù),能購(gòu)買(mǎi)到,分子量在250~350,logP<=3.5,可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目<=7。 |
ZINC類(lèi)藥化合物庫(kù) | 化合物數(shù)量15009925個(gè) 來(lái)源于ZINC數(shù)據(jù)庫(kù),能購(gòu)買(mǎi)到,分子量在150~500,logP<=5,可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目<=7,tPSA<150, HBD<=5,HBA<=10。 |
ZINC片段庫(kù) | 化合物數(shù)量667834個(gè) 來(lái)源于ZINC數(shù)據(jù)庫(kù),能購(gòu)買(mǎi)到,分子量<250,logP<=3.5,可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目<=5。 |
ZINC天然產(chǎn)物庫(kù) | 化合物數(shù)量25萬(wàn)個(gè) 來(lái)源于ZINC數(shù)據(jù)庫(kù),其中大部分在售,有些不能購(gòu)買(mǎi)。 |
中草藥成分庫(kù)(VIP免費(fèi)篩選) | 化合物數(shù)量33765個(gè) 中草藥成分庫(kù)涵蓋了8445種中草藥,包括發(fā)散風(fēng)寒藥、發(fā)散風(fēng)熱藥、清熱瀉火藥、清熱燥濕藥、清熱解毒藥、清熱涼血藥、清虛熱藥、攻下藥、潤(rùn)下藥、峻下逐水藥、利水消腫藥、利水通淋藥、利水退黃藥、理氣藥、止血藥等。 |
供應(yīng)商Chembridge | 化合物數(shù)量653850個(gè) 來(lái)源于Chembridge,包含類(lèi)藥化合物和先導(dǎo)化合物。 |
供應(yīng)商Chemdiv | 化合物數(shù)量1261245個(gè) 來(lái)源于Chemdiv,總量大,具有超過(guò)14,000種母核,多樣性豐富,新化合物多。 |
供應(yīng)商Enamine | 化合物數(shù)量1393713個(gè) 來(lái)源于Enamine,數(shù)量大,多樣性豐富。 |
供應(yīng)商InterBioScreen | 化合物數(shù)量441574個(gè) 來(lái)源于InterBioScreen,多樣性豐富。 |
供應(yīng)商Lifechemicals | 化合物數(shù)量368367個(gè) 來(lái)源于Lifechemicals,多樣性豐富。 |
供應(yīng)商Maybridge | 化合物數(shù)量61756個(gè) 來(lái)源于Maybridge,多樣性豐富。 |
供應(yīng)商Specs | 化合物數(shù)量200187個(gè) 來(lái)源于Specs,多樣性豐富。 |
庫(kù)存-農(nóng)藥庫(kù) | 化合物數(shù)量172254個(gè) 涵蓋了除草劑、殺蟲(chóng)劑、殺菌劑等農(nóng)藥化合物分子,有庫(kù)存,購(gòu)買(mǎi)方便。 |
庫(kù)存-片段庫(kù) | 化合物數(shù)量102309個(gè) 分子量<300,有庫(kù)存,購(gòu)買(mǎi)方便。 |
庫(kù)存-上市藥物庫(kù) | 化合物數(shù)量2798個(gè) 包含被批準(zhǔn)(FDA、EMEA或其他機(jī)構(gòu)批準(zhǔn))的藥物分子,具有化學(xué)多樣性、已知的生物藥效率以及安全性,降低藥物篩選風(fēng)險(xiǎn),有庫(kù)存,購(gòu)買(mǎi)方便。 |
庫(kù)存-特殊品種化合物 | 化合物數(shù)量1215個(gè)含特殊品種的化合物 包括核受體的配體小分子化合物、離子通道配體小分子化合物、腎上腺素受體的配體小分子化合物等化合物種類(lèi),有庫(kù)存,購(gòu)買(mǎi)方便。 |
天然產(chǎn)物庫(kù) (VIP免費(fèi)篩選) | 化合物數(shù)量7507個(gè) 庫(kù)中包含的天然產(chǎn)物來(lái)源于植物、動(dòng)物以及微生物,分子結(jié)構(gòu)多樣性豐富,幾乎涵蓋大部分已知的天然產(chǎn)物結(jié)構(gòu)類(lèi)型,有庫(kù)存,購(gòu)買(mǎi)方便。 |
庫(kù)存-已知活性庫(kù) | 化合物數(shù)量35417個(gè) 包含了已知活性或靶點(diǎn)明確的小分子化合物,包括一些上市藥物化合物,適用于老藥新用、藥物靶點(diǎn)機(jī)制研究和陽(yáng)性化合物對(duì)照等,有庫(kù)存,購(gòu)買(mǎi)方便。 |
寶雞市辰光生物科技有限公司化合物庫(kù) | 化合物數(shù)量637個(gè) 來(lái)源于植物天然產(chǎn)物,包含皂甙類(lèi)、黃酮類(lèi)、生物堿類(lèi)等。 |
FDA批準(zhǔn)的藥物 (VIP免費(fèi)篩選) | 化合物數(shù)量2388個(gè)FDA批準(zhǔn)的藥物的結(jié)構(gòu)。 |
實(shí)驗(yàn)中的藥物 (VIP免費(fèi)篩選) | 化合物數(shù)量5166個(gè)實(shí)驗(yàn)中的藥物。 |
小分子肽庫(kù) | 小分子肽庫(kù)中的結(jié)構(gòu)為計(jì)算得到的小分子結(jié)構(gòu),由20種氨基酸任意組合形成的二肽、三肽、四肽結(jié)構(gòu),數(shù)目分別為400個(gè)、8000個(gè)、16萬(wàn)個(gè)。 |
研錦生物可以利用基于靶點(diǎn)或小分子結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)方法,對(duì)可購(gòu)買(mǎi)化合物、天然產(chǎn)物等數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行虛擬篩選,并獲得潛在活性的化合物列表供進(jìn)一步活性實(shí)驗(yàn)確證。
面向制藥企業(yè)和科研院所,可提供一站式的早期藥物研發(fā)服務(wù),包括虛擬藥物篩選、先導(dǎo)優(yōu)化、靶標(biāo)預(yù)測(cè)、 動(dòng)力學(xué)模擬等,涉及小分子化學(xué)藥、生物藥、中藥等多種新藥類(lèi)型,為您提供優(yōu)質(zhì)的藥物發(fā)現(xiàn)服務(wù)。